小智三人被拉进同一个五彩斑斓的梦境空间。 在这里，他们见到了亚克诺姆、艾姆利多还有由克希。 刚见到它们三个，小智甚至都还没来得及跟它们交流，一团神秘的黑影侵蚀了梦境空间，并且还朝亚克诺姆它们席卷而去。 小智几人在同一时间惊醒。 小光道：“刚才那个梦，是传说的神奇宝贝们……” “我也看到了，有个黑影……” 小刚也描述了一下自己梦到的场景。 小智道：“这是湖之众神在给我们示警，看来银河队已经在行动了。” 联系上山梨博士、芥子兰博士他们后，小智从他们口中得知，湖之众神已经被银河队伙同猎人J的团体抓获。 不过在银河队将湖之众神带走后，猎人J的团体遭到了艾姆利多和由...