此时的赤眉军,就兵力数量而论,在天下诸侯当中,当然可以数一数二。然而,和以上三股势力相比,在战力上远远不足。当赤眉军放弃长安之后,樊崇便率领他们进入陇东高原,本以为从此可以天下广大、任我遨游,哪知却碰上了隗嚣的陇西军大将军杨广,其手下骑兵丝毫不弱于刘秀的幽州铁骑。因而赤眉军最终遭遇大败,狼狈向东南方向逃窜而去,杨广率领陇西军一直将樊崇赶出了乌氏、泾阳才鸣金收兵。
邓禹见此,忙派兵进剿赤眉军,试图劫回他们盗掘西汉陵墓之时所获取的财物。哪知樊崇早就占据了天时地利,手握“番须口”这一一夫当关万夫莫开的优势地位,直接威胁右扶风西部的安危。于是,邓禹所部与樊崇大军在郁夷县(在今陕西宝鸡市虢镇之西)交兵,无可置疑,西征军大败而归。
邓禹遭逢大败,本应该修身养性、整军待命,然而此时的长安却因为樊崇的劫掠而贫穷不堪,邓禹数十万大军,已经断粮多时。于是,邓禹决定派遣军队去长安城外找粮食。谁知却在南山脚下遭遇了汉中王刘嘉追赶的延岑残部,又大败。无奈之下,邓禹只能暂时撤出长安。
正当延岑为自己获胜而暗自窃喜之时,却不料汉中王刘嘉竟然从背后杀出,兵败之下,延岑只能向汉中王刘嘉乞降。原本刘嘉就是延岑的主公,只是为了自立,他才带兵逃出。此番刘嘉念其战功,故而并没有责罚他,反而任命他为将军。此后,刘嘉、延岑、李宝三人便准备率领着十余万军队北上,屯兵陈仓道口。哪知却遭遇了赤眉军,双方大战之下,赤眉军不敌,就连大将廖湛也被敌人斩下头颅。樊崇权衡之下,只能厉兵秣马,沿着渭水东进,徐图攻取长安。
他哪里知道,邓禹刚刚遭遇连番大败,早就撤出了长安。赤眉军冒着天寒地冻,进入了一片瓦砾的长安城中,后悔不已。甚至连士气也受到影响,大到将领小到兵士,均生出了归返故乡的念头。就在此时,邓禹也率领部众杀了回来,准备借机捞上一把,打击一下敌人的残兵。只可惜,赤眉军并没有他想象的那么虚弱,不久,邓禹便败逃回云阳,其手下将士也只剩下数千人,时局转换得如此之快,实在是让人难以相信。
而一边的赤眉军,却并没有像汉军一样,被延岑、李宝等人杀得大败,真可谓是“天外有天、人外有人”了。此后,邓禹又杀了汉中王部下前来请求联合的李宝,只因为自己连番失败,李宝傲慢便犯下如此错误。此后,邓禹之败更是一发不可收拾。直到刘秀果断任用冯异为征西将军,代替邓禹,才让西线的战事逐渐转危为安。当然,对于刘秀派遣冯异代替自己,邓禹是很有意见的。冯异不过是半路降将,邓禹则是一直跟随刘秀的忠臣。因此,从心底讲,他是不愿意自己大权旁落的。
冯异到达之后,邓禹便命令部下出战,攻打赤眉军。其中,邓弘为先锋,冯异为后援,主要攻击赤眉军弘农郡一部,敌人诈败,邓弘立刻上当,急忙追击,不料敌人调头便猛烈地攻击邓弘,猝不及防之下,死伤无数。幸好冯异当机立断,率领自己带领的数万将士杀出,才救下邓弘、打退赤眉。
当此之时,冯异急忙向邓禹建议:“大司徒!末将以为我军久战,锋锐已疲,不如撤退回营,来日再战不迟。”哪知邓禹不听,遂再次率军出战,而赤眉军这边,则高兴不已,因为邓禹又一次中了他们的诈败之计。邓禹一路追击,直到回谿谷内,遭到赤眉军伏兵的猛烈攻杀。冯异为后援,当他得到邓禹追进回谿之后,大惊失色。他久经沙场,一看之下,便知晓邓禹中了敌人的奸计,他担心邓禹有失,不顾自身安危,急忙率部也跟着进去支援。可惜,等他到达战场,邓禹早就率领二十四人逃往宜阳,余下数千将士都成了谷中之鬼。
一波未平一波又起,赤眉军知晓敌军必定会前来支援,便布下口袋阵,恰好冯异一头扎入。幸得冯异机敏,一见之下,忙将部队调头,从山坡上冲出一条血路,最终逃回大营。“大难不死、必有后福”,此言实在有理,此次一败,可以说都是拜邓禹错误的战略战术所致,冯异返回军营,毫不气馁,积极备战,同时向刘秀报告军情,刘秀闻讯,亦大为吃惊,幡然醒悟不该派遣邓禹前去征西。沧海横流方显英雄本色,刘秀于危难之时,毅然决定,相信冯异的实力,放赤眉军东进。冯异亦不是一个省油的灯,他决意要报回谿一败之仇,下令紧闭营门,坚壁清野,不许部下出战。同时,他又暗中下令四处搜罗在回谿一战失散的残兵败将,尽可能地让他们归队。很快,就有两万多人聚集到他的麾下。于是,冯异忙向樊崇下战书,会猎于野。这一战,首先樊崇便比较轻视冯异,其次,冯异汉军则是知耻而后勇,他们在冯异这一位当世名将的带领下,以区区两万人马,杀得樊崇三十万大军大败而逃。冯异当即率领大军追击,到了崤山一带,冯异追上了赤眉军。
崤山是古代最为着名的战地之一,以山高谷绝,峻坂迂回,形势险要而闻名天下,是关中三辅至中原诸郡的天然屏障。此山中间有南、北二崤道,亦称南陵、北陵。南陵为夏后皋之墓,北陵有周文王避风雨台遗址。也是孟尝君靠着“鸡鸣狗盗”之处,也是老子西行之地。此番被汉军追击,狭长的古道上,赤眉军单面应敌,而且后退的极为缓慢,在冯异强有力的攻击之下,赤眉军再次大败,无力再战,大量士兵放下武器,向汉军缴械投降。樊崇见大势已去,只好抛弃了老弱眷属,率领主力狼狈不堪地向正东方向逃窜。
到此,樊崇才真正领略了冯异的厉害。率领二十万赤眉残军,逃到宜阳境内。从华阴到崤山,再到渑池,最后到新安,冯异与樊崇的这一场大战终于胜利结束。经此一役,冯异俘获赤眉军男女八万余人,可谓大获全胜。虽然这场会战,单以规模而言,不能与昆阳之战相提并论,但是它的战略意义却极为重大。冯异亦通过这场阻击战,再次展现了他非凡的胆略和高超的用兵技巧,以两万人马,将樊崇的三十万大军杀得四散奔逃、溃不成军,赤眉三分之一的重要骨干成员在战役中被消灭,不得不说,这是一个惊人的奇迹。从此,樊崇的赤眉军主力遭到了重创,其寿终正寝之日已经不远。
刘秀早就在宜阳布置下数十万大军,以逸待劳,当樊崇二十万残军到达宜阳之时,看见眼前突然出现的数十万威武大军,吓得心胆俱裂。只见刘秀亲自统率六军,大摆兵阵,大司马吴汉的精兵列队在阵前,中军随后,骁骑、武卫两军分别列阵在左右两侧。赤眉军看到这种阵势之后,都感到震惊和恐怖。樊崇一世英雄,纵横天下,所向无敌,此番刚刚遭受冯异的猛烈攻击,兵败如山倒,让樊崇自己都难以相信。到了宜阳城下,本以为又可以凭借兵力,夺取城池,过上逍遥快活的日子,哪知刘秀竟然来了个瓮中捉鳖。眼下赤眉军已经是弹尽粮绝,辎重全无,兵马劳顿不堪,士气斗志尽失,樊崇虽然目不识丁,却也对时局洞若观火,为今之计,只有投降一条道路可走,于是,樊崇便派遣刘恭前去乞降。此刻,樊崇已经没有了和刘秀谈判的本钱,刘秀答应饶恕他的性命,眼见大势已去,他便同意了投降。
不日,赤眉军的君臣都自行反绑双手,带着高祖刘邦传下的玺印前来投降,光武帝下诏令把受降事宜交给城门校尉办理。又颁布诏书,祭祀高庙,“赏赐天下继承父亲地位的长子爵位,每人加封一级”。
二月己末日,光武帝刘秀到高祖神庙祭祀,接受传国印玺。历时数年,刘秀终于平定了赤眉军,获取和稳固了河东和关中地区,天下一统指日可待。